Porwania ks. Popiełuszki dokonali trzej oficerowie SB z IV Departamentu MSW zwalczającego Kościół katolicki: Grzegorz Piotrowski, Leszek Pękala i Waldemar Chmielewski. 19 października 1984 r. wyjechali do Bydgoszczy służbowym fiatem 125p. Na trasie Toruń-Bydgoszcz zatrzymali samochód volksvagen-golf, którym jechali ks. Popiełuszko oraz jego kierowca Waldemar Chrostowski. Kierowcy funkcjonariusze założyli na ręce kajdanki i knebel na usta. Księdza, który nie chciał wejść do samochodu, oprawcy bijąc pozbawili przytomności i wrzucili do bagażnika. Chrostowskiemu w czasie jazdy udało się wyskoczyć z samochodu.
Kiedy oprawcy zatrzymali się w okolicy hotelu „Kosmos” w Toruniu i otworzyli bagażnik, ksiądz zaczął uciekać. Po kilku uderzeniach pałką stracił jednak przytomność i znów został umieszczony w bagażniku. Podczas dalszej jazdy porywacze, obawiając się blokady dróg, zdecydowali się zabić księdza. Przywiązali do jego nóg worek kamieni, usta zakleili plastrem, a następnie wrzucili go do Zalewu Wiślanego w pobliżu Włocławka.
30 października 1984 r. w dzienniku telewizyjnym poinformowano o wyłowieniu z Wisły pod Włocławkiem ciała księdza Popiełuszki. Zwłoki były tak zmasakrowane, że rodzina identyfikowała je tylko na podstawie znaków szczególnych. Do nóg kapłana przywiązany był 11-kilogramowy worek z kamieniami.
W procesie morderców księdza Popiełuszki (tzw. procesie toruńskim) Grzegorz Piotrowski został skazany na 25 lat więzienia, jego przełożony, wiceszef IV departamentu MSW Adam Pietruszka – także na 25 lat; Leszek Pękala – na 15 lat i Waldemar Chmielewski – na 14 lat. Wszyscy wyszli z więzienia przed upływem całej kary. Piotrowski opuścił więzienie w 2001 r., Pietruszka po dziesięciu latach (1995 r.) Pękala – po pięciu (1990 r.), Chmielewski – po ośmiu (1993 r.).
Do dziś nie wiadomo, czy za mordercami i ich bezpośrednim przełożonym z IV Departamentu MSW stali wyżej usytuowani mocodawcy.
Ks. Popiełuszkę pochowano przy kościele św. Stanisława Kostki, a nie na Powązkach czy w rodzinnej Suchowoli – jak chciały ówczesne władze. W pogrzebie, 3 listopada 1984 r., wzięło udział ok. 800 tys. wiernych oraz blisko tysiąc księży. Mszy żałobnej przewodniczy prymas Józef Glemp.
Grób ks. Jerzego Popiełuszki stał się miejscem masowych pielgrzymek i modlitwy. Sława świętości i męczeństwa rozszerzała się nie tylko na Polskę, ale i na cały świat i trwa nadal. Przy grobie ks. Popiełuszki modlił się w 1987 roku papież Jan Paweł II, a 2005 r. kard. Ratzinger – późniejszy papież Benedykt XVI.
W 1997 r. rozpoczął się proces beatyfikacyjny księdza Popiełuszki. 12 lat później papież Benedykt XVI złożył podpis na dekrecie o męczeństwie księdza Jerzego Popiełuszki, co było równoznaczne z podjęciem decyzji o wyniesieniu go na ołtarze.
6 czerwca 2010 r. na placu Piłsudskiego w Warszawie została odprawiona uroczysta msza beatyfikacyjna księdza Jerzego Popiełuszki. Tuż po mszy św. ruszyła procesja z relikwiami ks. Popiełuszki do Panteonu Wielkich Polaków w Centrum Opatrzności Bożej w Wilanowie. 20 września tego roku w kaplicy domu generalnego Sióstr Anuncjatek w Thiais pod Paryżem rozpoczęło się dochodzenie w sprawie domniemanego uzdrowienia za przyczyną bł. ks. Jerzego Popiełuszki. Sprawa cudownego uzdrowienia dotyczyła 56-letniego Françoisa Audelana, który chorował na nietypową, przewlekłą białaczkę szpikową.
„W 2015 roku zamknięty został etap diecezjalny tego cudu i dokumentacja została przewieziona do Rzymu przez (metropolitę warszawskiego – PAP) kard. Nycza” – wskazał notariusz procesu kanonizacyjnego bł. ks. Jerzego Popiełuszki, ks. prof. Józef Naumowicz. Dodał, że tam od trzech lat sprawa badana jest m.in. przez lekarzy, którzy mają stwierdzić, że poprawa zdrowia człowieka w Creteil jest niewytłumaczalna z medycznego punktu widzenia i trwała. Zauważył jednocześnie, że takie procesy toczą się wiele lat. (PAP)
